Удалить записи регистра сведений с отбором

НаборЗаписей = РегистрыСведений.ОбъектыСтроительстваОрганизаций.СоздатьНаборЗаписей();
НаборЗаписей.Отбор.Организация.Установить(УдаляемаяОрганизация);
НаборЗаписей.Записать();