Удаление через 1С может проходить очень долго, особенно, если записей много Для удаления можно использовать следующую конструкцию
Смотрим в какой таблице SQL хранится регистр сведений Версии объектов. Чаше всего данные хранятся в таблице “_InfoRg11265”
После выполняем в MS Studio
USE ИМЯ_БАЗЫ_ДАННЫХ;
GO
TRUNCATE TABLE [ИМЯ_БАЗЫ_ДАННЫХ].[dbo].[_InfoRg11265];
GO
Код для выполнения в консоли MS Studio
Размер базы 1С можно сильно уменьшить иногда помогает эта операция перевести её в файловый режим.